Het kartseizoen eindigde in het Kingdom of Mushrooms, dus reisden Mario en Peach naar Egypte om een leuke vakantie door te brengen. Maar zoals je zou verwachten komt Mario opnieuw in de problemen als hij een eeuwenoud gigantisch geweer ontdekt dat twee grote projectielen activeert en afvuurt op onze held. Zijn enige manier om te ontsnappen is door te rennen totdat hij het magische item vindt dat de gigantische kogels zal vernietigen. Maar dit item is goed verborgen en er is een lange weg voordat hij het bereikt, dus Mario moet aan veel vallen ontsnappen, de confrontatie aangaan met zombies en mummies en een veilige weg vinden tussen veel obstakels.